为提供科研平台，提高学术水平，我校于2002年制订了《河南大学重点科研机构建设管理办法》，并于7月遴选出了区域发展与规划研究所、分子与晶体工程研究所、经济研究所、光子学与光电子技术研究所、中国古典文学研究所、植物逆境生物学和低产区农业研究所、宋代研究所、外国语言文学研究所、信息系统与信息工程研究所、数学研究所10个校级重点科研机构，到2005年7月，10个重点科研机构建设期满，科研处组织专家于10月下旬对10个机构进行了期满验收评估。
评估采用专家评议与科研成果统计相结合的方式，既有对机构建设的定性评价，又有对机构建设业绩的定量考核，使评估尽量做到科学、客观、公正。评估程序是，各机构从建设目标的完成情况、学术梯队的建设情况、研究方向情况、科研工作条件改善及日常管理情况、建设资金的使用情况、学院对机构的管理情况等六个方面自评汇报，然后专家就这五个方面评议划分等次，成果科核查原始成果材料，最后依据专家评议结果和科研统计数字对各机构三年的建设成绩做出综合评估。
评估结果显示，三年来，通过学校的重点资助、各学院的领导和各研究所科研人员的刻苦研究，10个机构在高层次科研成果的取得、学术队伍的建设、研究方向的整合和科研条件的改善方面都取得了明显成效，总体上完成了建设计划规定的各项任务。
从统计数字来看，全校10个校级重点科研机构三年共完成学术论文591篇，其中国内外核心期刊发表论文420篇，有77篇被SCI、EI收录，出版著作33部，承担国家级科研项目27项，承担省部级项目64项，获省部级以上科研成果奖54项。总的科研绩效显示，10个重点科研机构三年发表核心论文数超额完成目标任务书所定的目标，计划发表核心期刊论文241篇，而实际超出任务量179篇，计划有43篇论文被SCI、EI收录，而实际超出34篇。在发表核心论文数量上，区域发展与规划研究所和分子与晶体工程研究所比较突出，三年来分别发表核心论文100篇和84篇，其中区域发展与规划研究所在CSSCI、CSCD期刊上发表论文76篇，分子与晶体工程研究所被SCI、EI收录的论文52篇。
从专家评议结果来看，除建设目标的完成情况指标外，经济研究所和区域发展与规划研究所7个评委对其它5项指标的评议中分别获得34项和33项次优秀。
通过评估，在重点科研机构建设过程中也发现了一些问题，主要表现在：有的科研机构学术队伍不太健全，有的科研机构在经费使用上过于集中于某些人，有的科研机构与所依托的学院关系不太协调等，有待今后在管理上加以克服和解决。
